? سوّمین و چهارمین بازداشت

کلاسهاى تفسیر و حدیث و اندیشه اسلامى ایشان در مشهد و تهران با استقبال کم نظیر جوانان پرشور و انقلابى مواجه شد. همین فعالیت ها سبب عصبانیت ساواک شد و ایشان را مورد تعقیب قرار دادند. بدین خاطر در سال 1345 در تهران مخفیانه زندگى مى کردند و یک سال بعد ـ 1346ـ دستگیر و محبوس شدند. همین فعالیّت هاى علمى و برگزارى جلسات و تدریس و روشنگرى عالمانه و مصلحانه بود که موجب شد آن بزرگوار بار دیگر توسط ساواک جهنّمى پهلوى در سال 1349 نیز دستگیر و زندانى گردند.

? پنجمین بازداشت

حضرت آیت الله خامنه اى «مد ظله» درباره پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک مى نویسد: «از سال 48 زمینه حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیّت و شدّت عمل دستگاههاى جارى رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانى نمى تواند با افرادى از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال 50 مجدّداً و براى پنجمین بار به زندان افتادم.

برخوردهاى خشونت آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان مى داد که دستگاه از پیوستن جریان هاى مبارزه مسلـّحانه به کانون هاى تفـّکر اسلامى به شدّت بیمناک است و نمى تواند بپذیرد که فعالیّـت هاى فکرى و تبلیغاتى من در مشهد و تهران از آن جریان ها بیگانه و به کنار است. پس از آزادى، دایره درسهاى عمومى تفسیر و کلاسهاى مخفى ایدئولوژى و... گسترش بیشترى پیدا کرد».

? بازداشت ششم  

در بین سالهاى 1350ـ1353 درسهاى تفسیر و ایدئولوژى آیت الله خامنه‌ای در سه مسجد «کرامت» ، «امام حسن(ع)» و «میرزا جعفر» مشهد مقدس تشکیل می‌شد و هزاران نفر ازمردم مشتاق به ویژه جوانان آگاه و روشنفکر و طلّاب انقلابى و معتقد را به این سه مرکز مى کشاند و با تفکّرات اصیل اسلامى آشنا مى ساخت. درس نهج البلاغـه ایشان از شور و حال دیگـرى برخوردار بود و در جزوه هاى پلى کپى شده تحت عنوان: «پرتوى از نهج البلاغه» تکثیر و دست به دست مى گشت. طلّاب جوان و انقلابى که درس حقیقت و مبارزه را از محضر ایشان مى آموختند، با عزیمت به شهرهاى دور و نزدیکِ ایران، افکار مردم را با آن حقایق نورانى آشنا و زمینه را براى انقلاب بزرگ اسلامى آماده مى ساختند. این فعالیـّت ها موجب شد که در دى ماه 1353 ساواک بى رحمانه به خانه آیت الله خامنه‌ای در مشهد هجوم برده، ایشان را دستگیر و بسیارى از یادداشت ها و نوشته هایشان را ضبط کنند. این ششمین و سخت ترین بازداشت ایشان بود و تا پاییز 1354 در زندان کمیته مشترک شهربانى زندان بودند. در این مدت در سلولى با سخت ترین شرایط نگه داشته شدند. سختى هایى که ایشان در این بازداشت تحمّل کردند، به تعبیر خودشان «فقط براى آنان که آن شرایط را دیده اند، قابل فهم است». پس از آزادى از زندان، به مشهد مقدس برگشتند و باز هم همان برنامه و تلاش هاى علمى و تحقیقى و انقلابى ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاسهاى سابق را به ایشان ندادند.